Nhìn bên ngoài, quyển sách chẳng có gì đặc biệt. Không có nhan đề và cũng chẳng có tên tác giả, cái bìa không trang trí, héo úa vì thời gian, chỉ được kết lại bằng dây da. Năm 1912, tại thư viện của biệt thự Mondragone, một trường học dòng Jésuite gần Rome, viên quản thư Wilfrid Voynich nhận ra quyển sách giữa chồng bản thảo mà các thầy tu định bán cho ông để có tiền trùng tu lại ngôi trường.
Ngay từ các trang đầu tiên, một thế giới cây cỏ lạ kỳ gợi ông nhớ đến những quyển dược điển cổ nói về các dược tính của thảo mộc. Nhưng khi nhìn kỹ thì ông chẳng nhận ra loại cây nào cả. Những bộ rễ to tướng làm biến dạng cây cối, các vòm lá cuốn vào nhau tựa hồ như một tay làm vườn ranh ma nào đấy đã thử nghiệm ghép cây hay gây đột biến trước thời đại.
Voynich cũng tìm thấy một chương nói về thiên văn – chiêm tinh – vũ trụ học với các vũ trụ tinh tú, mặt trời và mặt trăng, một mặt hoàng đạo khá lạ lùng, những nàng tiên với cái bụng to và gương mặt vô hồn tắm trong các hồ nước xanh được nối với nhau bằng những cái ống tựa như sự sắp xếp bên trong cơ thể một sinh vật…
Bản văn cũng chẳng giúp được gì: nó được viết bằng mực nâu theo một thứ ngôn ngữ lạ. Có vẻ như bản văn được viết từ trái sang phải và từ trên xuống dưới. Có những chữ giống như mẫu tự Latinh, có chữ lại giống chữ số Arập và các ký hiệu lạ. Có những khoảng trống nhưng không hề có dấu ngắt. Wilfrid Voynich tin rằng đấy là một bản mật mã và ông đã mua nó, hy vọng sẽ biến nó thành vàng.
Ông dự tính như thế là dựa vào một lá thư viết bằng tiếng Latinh từ năm 1666 đính kèm theo bản văn. Tác giả là một người tên Johannes Marcus Marci, đã gửi bản văn cho Athanasius Kircher, một thầy tu dòng Tên, người đã từng giải mã các bản văn tượng hình của Ai Cập. Có thể đây là người lý tưởng để “phá vỡ” mật mã sử dụng trong bản văn mà Marci cho là nó thuộc về Hoàng đế Đức Rodolphe II và cũng có thể do Roger Bacon (thầy tu dòng Francisco) thảo ra. Ông này là một trong các nhân vật khoa học tầm cỡ của thời Trung cổ.
Có quá nhiều cái “có thể”, nhưng Voynich không có được tính chặt chẽ của một sử gia. Và dường như ông tin chắc rằng Bacon chính là tác giả của bản văn bởi vì thầy tu người Anh này có đủ lý do và phương tiện để mã hóa. Ông là người ủng hộ phương pháp thực nghiệm khoa học và bài xích chủ nghĩa kinh viện, đã từng bị giam trong 25 năm vì tư tưởng của mình, và Voynich tin rằng Bacon đã sử dụng mật mã cho tác phẩm cuối cùng của mình mà chỉ mình ông hiểu được.
Tuy nhiên, giả thuyết Bacon dù rất hấp dẫn nhưng vẫn chỉ là giả thuyết. Voynich cần phải có một sự xác nhận khách quan. Mà có bằng chứng nào tốt hơn là bản giải mã chứ? Năm 1914, Voynich chuyển sang cư ngụ tại New York và cho photo bản văn cổ đó thành nhiều bản để gửi cho các nhà thông thái. Thật lạ lùng là những cố gắng giải mã tiếp theo đó chỉ càng làm u ám hơn màn bí ẩn bao quanh bản văn cổ.
Năm 1919, đến lượt Giáo sư triết học William Romaine Newbold ở Đại học Pennsylvania nhận được bản copy của 3 trang bản văn. Trang cuối cùng chỉ có 2 dòng rưỡi nhưng lại rất đặc biệt vì một phần được viết theo “mẫu tự Voynich”, một phần giống như mẫu tự Latinh. Vốn chẳng có mấy kinh nghiệm trong việc giải mã nên Newbold ngỡ rằng đã nắm được chìa khóa và lao vào một cuộc phiêu lưu trí tuệ mệt phờ. Vị giáo sư này cũng tin rằng bản văn là của Bacon và thầy tu này đã đưa vào đấy rất nhiều phương pháp mã hóa. Thế là ông soạn ra một hệ thống giải mã cực kỳ phức tạp và sau 1 năm miệt mài, Newbold đã điện thoại cho Voynich để thông báo kết quả: tác giả bản văn đúng là Roger Bacon và bản văn đó đã làm một cuộc cách mạng trong lịch sử khoa học. Theo Newbold, Bacon đã chế ra được chiếc kính viễn vọng đầu tiên – đi trước Galilée và Newton nhiều thế kỷ – và đã quan sát được thiên hà Andromède. Hơn nữa, Bacon cũng đã chế được kính hiển vi.
Bản văn còn cho thấy các nghiên cứu về cơ quan sinh dục, bởi vì nhiều hình minh họa bí ẩn không gì khác hơn là các hình vẽ buồng trứng, tinh trùng và cấu trúc bên trong của tinh hoàn… Phấn khởi vì những kết quả phi thường đó, Voynich ước tính giá trị của bản văn cổ khoảng 160.000USD. Nhưng Newbold qua đời vào năm 1926 và Voynich vào năm 1930, cả hai vẫn còn tin tưởng vào giả thuyết tác giả là Bacon.
Vào năm 1931, Giáo sư John Manly ở Đại học Chicago chứng minh rằng kỹ thuật của Newbold hoàn toàn tùy thuộc vào cách suy diễn chủ quan nên người ta có thể thu được kết quả mà người ta muốn. Nói rõ hơn là Newbold đã đọc được trong bản văn của Voynich những gì mà ông ta mong muốn thấy.
Qua năm tháng, nhiều tay giải mã nghiệp dư khác cũng cố thử vận may. Vào năm 1945, Leonell Strong đưa ra nhận xét rằng tác giả là một người Anh ở thế kỷ XVI, tên là Anthony Ascham, và ông này mô tả một ca sinh nở, đồng thời đưa ra một phương thuốc ngừa thai trích từ cây cỏ. Năm 1978, John Stojko quả quyết rằng bản văn đó là bản sao của nhiều lá thư viết bằng tiếng Ukraina cổ nói về một cuộc nội chiến hay xung đột tại Ukraina. Đến năm 1987, Leo Levitov lại cho rằng bản văn mô tả một nghi lễ của người Cathare.
Từ vài thập niên qua, giả thuyết Bacon đã bị bác bỏ vì tự dạng và cách minh họa cho thấy rằng bản văn đã được viết trong khoảng giữa năm 1450 và 1600, rất lâu sau khi thầy tu người Anh đó qua đời. Thế thì ai là tác giả? Bí ẩn, câu hỏi vẫn chưa có lời đáp.
Sau khi Wilfrid Voynich qua đời, bà vợ Ethel thừa hưởng bản văn cổ nhưng vẫn không bán được theo giá mà chồng bà mong muốn. Trong suốt 30 năm, bản văn đó đã nằm im trong một tủ sắt ngân hàng. Khi Ethel mất năm 1960, cô thư ký của Wilfrid đã bán bản văn đó cho một nhà buôn ở New York là Hans Kraus với giá 24.500USD. Ông này cũng không tìm được người mua nên đến năm 1969 ông đã tặng bản văn cho thư viện của Đại học Yale.
Hiện nay, nó vẫn còn được lưu trữ tại đấy với ký hiệu MS 408, bản thảo Voynich bí ẩn nhất thế giới.